Audyt oprogramowania pozwala określić, jakie oprogramowanie jest wykorzystywane, oraz w jaki sposób jest nabywane i dystrybuowane w firmie. W większości firm przed przeprowadzeniem audytu istnieje brak rzetelnej wiedzy, jakie aplikacje i na których stacjach są wykorzystywane. Nawet w firmach posiadających określone zasady instalacji oprogramowania, na komputerach użytkowników można znaleźć aplikacje nie zarejestrowane przez dział informatyki. Szczególnie interesujące jest wyszukanie aplikacji niepożądanych, nie mających związku z charakterem wykonywanej pracy. Nie rzadko część najsilniejszych komputerów w firmie wykorzystywana jest w rzeczywistości jako konsole do gier, a nie jako narzędzie pracy.
Audyt oprogramowania odpowiada także na pytanie, jakie aplikacje są najpopularniejsze. Pozwala na opracowanie standardu i wyboru produktów najchętniej wykorzystywanych przez pracowników. Analogicznie można wyodrębnić aplikacje niepotrzebne do wykonywania zadań pracowników i bezcelowo obciążające stacje robocze. Analiza wyników audytu oprogramowania pomaga w przygotowaniu planu zakupów oprogramowania, którego wartość często przewyższa wartość sprzętu, na którym jest zainstalowane.
Inny aspekt audytu informatycznego dotyczy kontroli rozproszenia i ochrony danych na stacjach roboczych. Udziela on odpowiedzi na pytanie, jakiego typu dane przechowywane są na stacjach roboczych. Zdarza się, że na stacjach roboczych przechowywanych jest znacznie więcej informacji niż na przeznaczonych do tego serwerach, które z racji swojej funkcji są znacznie lepiej zabezpieczone przed awariami i intruzami. Audyt oprogramowania umożliwia także zidentyfikowanie danych, które nie powinny się znajdować na stacjach roboczych i serwerach. Często są to pliki multimedialne (np. MP3, AVI), które blokują zasoby dyskowe i generują nieuzasadnione koszty.